Ufficio federale e sistema di milizia sono suddivisi in sei settori: Energia, Alimentazione, Agenti terapeutici, Logistica, TIC e Industria. I settori sono insediati presso il sistema di milizia, le segreterie presso l’UFAE. L’Ufficio federale comprende inoltre la sezione Costituzione di scorte.
Sia la sezione Scorte sia le segreterie sono aggregate amministrativamente all’UFAE. I loro responsabili fanno parte della Direzione, ma gli aspetti tecnici sono di competenza dei responsabili dei settori specializzati.
L’UFAE si occupa di tutte le questioni amministrative in materia di approvvigionamento economico e vigila sulla costituzione di scorte obbligatorie. Coordina la cooperazione con gli organi della Confederazione, con l’esercito e la Protezione della popolazione e informa i cittadini.